SK Putrajaya Presint 9 (2) dipimpin oleh Guru Besar Puan Khamisah Noor Bt Md Zin yang sangat berkebolehan dan sangat kompeten terhadap bidang tugas dan tangungjawabnya sejak dari awal penubuhan sekolah pada tahun 2005 sehingga kini.
Pentadbiran sekolah dibantu oleh Guru Penolong Kanan serta guru-guru akademik yang sentiasa bersepakat dan bermaufakat dalam sebarang urusan pentadbiran dan pengurusan sekolah bagi menjayakan matlamat dan visi sekolah. Pada akhir tahun 2007 Pn Khamisah Noor Bt Md Zin berjaya mencipta sejarah apabila mendapat kenaikan pangkat Guru Besar Cemerlang yang pertama di Putrajaya.
